Honda nasceu em Asahi, Yamagata (agora parte da cidade de Tsuruoka).Ao lado de seus deveres de filme, ele foi convocado para o Exército Imperial Japonês durante a segunda guerra mundial, na China e foi prisioneiro de guerra lá, quando a guerra terminou.
Ele dirigiu o Godzilla original juntamente com King Kong vs. Godzilla (1962), Mothra vs Godzilla (1964), Destruir todos os monstros (1968) e muitos outros até 1975. Ele também dirigiu filmes tokusatsu como Rodan, Mothra e a guerra dos Gargantuas.
Nos anos seguintes foram passados a dirigir vários programas de TV de ficção científica.
Depois de se aposentar como um diretor, Honda retornou mais de 30 anos mais tarde para trabalhar para seu velho amigo e antigo mentor Akira Kurosawa como conselheiro, como diretor, coordenador de produção e consultor criativo em seus últimos cinco filmes. Alegadamente um segmento de Sonhos de Kurosawa, na verdade foi dirigido por Honda, seguindo storyboards detalhados de Kurosawa.
Sua citação mais memorável: "Monstros nascem muito altos, muito fortes e muito pesados, e esta são sua tragédia," quando ele falou de seu filme Rodan. Esta declaração só daria os fãs a impressão de que sua intenção era dar a kaiju uma personalidade distinta, em vez de ser apenas um monstro à solta
Em 2009, o primeiro livro em inglês foi publicado detalhando filmes, vida e gênero da Honda, chamados "Mushroom Clouds and Mushroom Men - The Fantastic Cinema of Ishiro Honda" escritos por Peter H. Brothers e publicado pela AuthorHouse .
Kaiju de Guillermo del Toro em Pacific Rim termina com uma dedicação conjunta para Honda e Ray Harryhausen.
